Vom Westportal aus betreten wir die Dankeskirche, zunächst einen kleinen Vorraum: An der rechten Seitenwand zwei Grabsteine (roter Sandstein, 18. Jahrhundert) vom ältesten Nauheimer Friedhof; wegen ihrer ortsgeschichtlichen Bedeutung wurden sie im Interesse besserer Erhaltung 1931 hierher verbracht. Links der Stein des Salinenrentmeisters Georg Melchior Langsdorff, geb. 25. Februar 1713 in Wetzlar als Sohn des Rektors der dortigen Lateinschule, Joh. Nikolaus Langsdorff (1673-1747), der in gleicher Stellung 1718 nach Friedberg übersiedelte. Rechts der Stein des aus Hanau gebürtigen Pfarrers Konrad Künßler, der nach Studienjahren in Bremen 1712 nach Nauheim kam.
Die von reichem Bildhauerschmuck umgebenen Inschriften lauten:
Links: „Im Jahre 1767/Sterblicher/hier unter diesem Steine hat seine Ruhestätte gefunden/der weiland/Hr. Georg Melchior Langsdorff/Wetzlar war seine Geburtsstadt/Friedberg gab ihm gute Auferziehung/Jena und Göttingen machten ihn reich an /Wissenschaften/ — Nachdem er dahier in Nauheim/ 7 Jahre als Archivarius/ und als Salzrenthmeister 16 Jahre
/Gott und seinem Fürsten treu gedienet/und in allem 54 Jahre 1 Monat gelebt hatte/hieß ihn Gott am 19. April was er Sterbliches/an sich hatte, ablegen/die unsterbliche Seele aber/nahm er zu sich auf in die ewigen Hütten/ Seine hinterlassene Wittib/Tit. Frau Maria Margretha/gebohrene Kochin/nebst sechs leiblichen Kindern/liessen ihm (dieses Denkmal/aus schuldiger Dankbarkeit/aufrichten. Mensch, wer du bist, bedenke das Ende, so wirst du nimmermehr Uebels tun. Syr.)". Eingeklammerte Schlusszeilen zerstört, nach älterer Aufzeichnung hier angefügt.
Rechts: „Allhier ruhet in seinem Teil bis ans Ende der Tage unter seinen geliebten Pfarrkindern ein fromm und getreuer Knecht Gottes, der Hochehrwürdig und Hochgelahrte Herr Conrad Künßler. 13 Jahre lebte er mit der Hochedel und Tugendbegabten Frauen Catharinen Sara de Bàry in einer vergnügten Ehe, die der Herr mit einer einzigen Tochter gesegnet. 23 Jahr hat Er die hiesige Heerde Christi in Nauheim willig und von Hertzensgrund geweidet. Das 54. Jahr seines alters war das seelige Jahr seiner Erblassung, da Ihn Gott am 18. April 1735 eingehen hieß durch einen seligen todt zur ewigen Freude und dadurch lassen den entseelten Leib in den Todt eingehen".
Bemerkenswertes Schmuckstück dieses sonst einfachen Raumes ist die strahlende kleine Rosette in der Westwand mit dem Engel als Friedenskönig, ein Werk der Darmstädter Glasmaler Benz und Rast, die auch die Kunstverglasung der unteren Doppelfenster im Kirchenschiff sowie die Bleiverglasungen in den Nebenräumen ausgeführt haben (Wappenscheiben spätere Zutaten).
Das Kircheninnere wurde im Jahr 1969 von Grund auf instand gesetzt. Es war die erste Instandsetzung seit Erbauung der Kirche. Ausgangspunkt war der Stein. In Säulen, Wölbungen, Gesimsen und Fensterwänden gibt er dem Raum Sinn und Form und bestimmte die Farben. Auf Weiß- und Grautöne abgestimmt, wird das Innere seitdem lichter, auch ruhiger und einheitlicher empfunden als es vordem gewesen ist.
Altar, Kanzel und Taufgruppe als beherrschende, künstlerisch gestaltete Stücke gottesdienstlichen Geschehens treten deutlicher hervor. Aus dem Chorraum leuchten in drei Buntglasfenstern die großen christlichen Heilstatsachen: Christi Geburt, Kreuzigung und Auferstehung. Daneben sollten die beiderseits flankierenden kleineren Fenster wegen der Schönheit ihrer Ornamentik nicht übersehen werden. Den darunter stehenden Altar krönt ein Kreuz. Aus französischem Kalkstein gearbeitet, hebt es sich von dem dunkleren Tisch farblich wirkungsvoll ab.
Unter den Chorfenstern sind vier kleine Sockelsteine mit altchristlichen Darstellungen geschmückt: Die brütende Taube, von der Schlange bedroht, der Pelikan, der mit seinem Blut seine Jungen nährt, das Lamm Gottes sowie der zur Sonne emporsteigende Adler. Rechts und links in den Chorecken erinnern zwei Vogelnester an die während der Bauzeit bei den Gerüsten unbekümmert brütenden Vögel. Es sind Arbeiten des Darmstädter Bildhauers Ludwig Gievers, der auch zahlreiche andere Stücke in und an der Kirche (Kapitelle, Altar pp.) gearbeitet hat.
Die ehemals im Chorraum hängenden Wandteppiche - heute rechts und links davon - stammen von Rudolf Koch (Offenbach). Sie sind in den Farben blau, rot und grün als den Farben für Glaube, Liebe und Hoffnung gehalten und wurden zum 25. Einweihungstag 1931 von 25 Frauen der Gemeinde aus naturgesponnenem Leinenfaden gearbeitet.
An älteste Formen dieser kirchlichen Kunst anknüpfend, zeigen sie in ausdrucksstarken Linien links und rechts die vier Evangelisten mit ihren Zeichen, in der Mitte das für unsere Badestadt charakteristische Sprudelmotiv, dazu das Wort des Psalmisten (65,10): „Gottes Brünnlein hat Wassers die Fülle" und die bekannte Sprudelinschrift: „Auf Gottes Geheiß aus der Tiefe geboren, der Lebenden Leiden zu lindern erkoren". In ihrer Gesamtheit sollen diese Teppiche daran erinnern, dass „wie die Heilquellen aus geheimnisvoller Tiefe immerfort ans Licht steigen, (auch) das von den vier Evangelisten geschriebene Wort Gottes aus der Tiefe der Katakomben… immer wieder siegreich zum Licht und zum Leben emporsteigt" (Hermann Knodt, 1938).
Links vom Chor findet der Taufstein unsere Aufmerksamkeit. Der die Kinder segnende Heiland, etwa lebensgroß, ist ein Werk von Konstantin Starck (Berlin). Neben dem Sockel die Stiftertafel.
Rechts vom Chor steht die Kanzel. Ihr wuchtiger, jedoch feingegliederter Aufbau verkörpert Luthers Forderung: „Das Wort sie sollen lassen stahn!" Die von Konstantin Starck geschmückten fünf Felder zeigen in der Mitte das Kreuz als Symbol christlichen Glaubens, links und rechts Säemann und Schnitter, A und O. Darunter aus dem Buch Jeremia (22,29): „O Land, Land, Land höre des Herrn Wort!" - Stiftervermerk am Fuß: „Gestiftet von Seiner Königlichen Hoheit dem Großherzog Ernst Ludwig von Hessen, 1905." Rechts der Kanzel, fast ebenerdig, ist der Grundstein vom 26. Mai 1904 sichtbar.
Die Nordempore wird von der gewaltigen Orgel beherrscht. Sie wurde ursprünglich 1906 bei Walcker in Ludwigsburg gebaut und 1965 umgestaltet. Die Orgel hat eine weitgespannte Disposition. Hauptwerk, Oberwerk und Schwellwerk ermöglichen über drei Manuale und Pedal bei rd. 4.000 Pfeifen und einer selbstständig spielbaren Chororgel mannigfaltige Klangfarben.
Im Oktober 2011 wurde das Fernwerk über der Kuppel wieder in Betrieb genommen. Etwa 400 Pfeifen, darunter einige aus der ursprünglichen Hauptorgel, sind nun im Dachboden eingebaut und können vom normalen Spieltisch aus betätigt werden.
Bei diesen Pfeifen aus der Erbauerzeit der Kirche kommen vor allem die emotional gefärbten, sehnsüchtigen Klänge zum Einsatz.
Zwei Buntglasfenster beiderseits der Orgel gelten der Macht der Musik und ergänzen die Bedeutung der Orgel. Links David als Harfenspieler vor Saul, rechts der Jubelchor der himmlischen Heerscharen in der Weihnachtsnacht.
Der Orgel gegenüber bildet das große Sprudelfenster ein Gegengewicht auf der Südempore: Christus am Teich Bethesda, symbolisch auch auf Bad Nauheims Heilquellen und die ihnen dargebrachte Dankeskirche bezogen.
Dem Chor gegenüber leuchtet die Westrose. Unter Verwendung einer Zeichnung von Johannes Starck, einem früh verstorbenen Bruder des Schöpfers der Taufgruppe, zeigt sie das Antlitz des sterbenden Christus mit der Umschrift: „Wenn ich einmal soll scheiden, so scheide nicht von mir".
Darunter eine Bach-Büste von Daniel Greiner (gest. 1943). Das Meisterwerk des hessischen Bildhauers stammt aus dem Besitz des als „Waldpfarrer" von Oberklingen (Odenwald) bekannten Dichters Karl Ernst Knodt (gest. 1917), und ist ein Geschenk seines ältesten Sohnes Karl A. Knodt (gest. 1960), als er Propst von Oberhessen war.
Den Gefallenen des Zweiten Weltkrieges gilt das von Helmut Wagner (Niefern/Bd.) gestaltete und zum Totensonntag 1952 bei W. Derix (Rottweil) gefertigte Fenster unter der Südempore. Dargestellt ist „über dem grausigen Feld des Todes, dessen Bomben auch vor den Gräbern nicht halt machten, im Morgenglanz der Ewigkeit das Kreuz als das Zeichen des ewigen Lebens zwischen den sieben himmlischen Leuchtern der Offenbarung, wo es kein Leid, noch Tod mehr gibt und Gott abwischen wird alle Tränen von unseren Augen" (Hermann Knodt, nach 1952).
Aus Nauheims ältester Dorfkirche (niedergelegt 1740) stammt das unter der Südempore aufgestellte Taufbecken (12. Jahrhundert).
Im frühen Mittelalter war die Johanniskirche die Tauf- und Mutterkirche der gesamten nördlichen Wetterau.
Im Vorraum zum südöstlichen Ausgang sind zahlreiche Wappen Alt-Nauheimer Familien ausgestellt.
Zwei Gedenkstätten gelten den gefallenen Gemeindegliedern der beiden Weltkriege. Beiderseits des Westeingangs bewahren zwei holzgeschnitzte Tafeln von Heinrich Walbe und Hermann Veite (Darmstadt-Nieder Ramstadt) die 138 Namen der Toten des Ersten Krieges, 1930 am Sonntag Reminiscere enthüllt.